在霍夫曼打倒戈林并兼任空军总司令后，德国空军基本组织架构进行了大刀阔斧的调整，空军司令部与海军、陆军各司令部一样，其职责由最高统帅部吸收，空军总参谋部与原航空部的职能相合并，承担具体的军令、军政事务，但其中生产研发职能交给了军备部。总体而言是精简的大量的机构与人员，特别是极大地减少了行政人员。
同时霍夫曼还砍掉了戈林在位时四处伸手的风格，什么空军装甲旅、空军野战师在过渡期后全部下放给了陆军，配套的警卫力量也大幅度削减，光是这几招就为空军清退了50多万冗员。霍夫曼接手时，空军总人数将近200万，但作战飞机只有8000多架，平均1架飞机需要配置250个人；不到两年，一线作战飞机数目已突破2万，但总人数下降到了120多万人，差不多1架飞机配置60人，如果再算上分流给海军的3000多架现役飞机和近10万人，这数字差不多将近1架飞机配置55人。
虽然霍夫曼认为该数字相对还偏高，历史上二战末期美军陆航差不多是1架飞机配置40余人，而且美军还有大量需众多官兵的重型轰炸机，如果按这个编制计算，德国在1944年末将空军编制调整到3万架/140万人才更合理。
但他也考虑到美军没有强大的地面防空需求，且驻欧美军陆航部队得到英国方面的帮助，便适当放宽了要求，给耶顺内克的指标是3万架/150万人（不含分流海航部分）。当然，鉴于目前战争形势发展比较顺利，他认为可能并不需要再配置这么多部队，但空军还是按该要求在稳步推进。
航空队及所属的航空军区是空军基本战役单元，一般由上将或中将出任航空队司令官，级别相当于陆军集团军级，而分管数个航空队的司令官则通常由大将或元帅军衔出任，地位等同于陆军集团军群司令官级。与陆军撤军扩师的节奏一样，空军也撤销了航空军编制，改为航空队直辖若干个空军联队，于是空军联队从原本的团一级机构变成了师级作战力量。
除空军联队外，航空管辖的航空军区还包括机场作战部队（通讯和高炮）、机场保障部队（补给、后勤、维护）等。一个航空队依据其重要性和配置地域下属若干个空军联队，包括轰炸机联队（KG）、战斗机联队(JG)、夜间战斗机联队(NJG)、运输机联队（CG），本来还更进一步细分为驱逐机联队（ZG）、教导联队（LG）等，但随着空军联队编制规模的提升，这些职能都被陆续吸收一并，以教导联队为例，除耶顺内克分管的训练航空队全部由教导联队组成外，其余航空队均不再单列，而是在每个作战联队中设置一个教导大队。
经过这样的调整，空军联队基本上实现了“五四单位制”：即每个空军联队辖有4个作战大队、1个教导大队，每个大队下面辖有4个中队，每中队下设4个小队，每个小队由3-4架飞机构成——战斗机是4架，分为2个双机结构；重型轰炸机也是4架，但4架为一组；俯冲轰炸机和其他攻击机是3架，以3架为一组。
通常作战任务要求至少以中队（12-16架）编制的规模执行，通常一个联队满编时拥有270-400架左右的飞机（除各中队，大队部、联队部各自还有部分飞机），因此联队长都要求以少将甚至中将军衔出任。当然，理论是理论，实际归实际，基本上没有联队能够满编，能达到90%就视为满编，70%以上就可以承担作战任务，只有低于50%时才考虑补充。
特别是西线空军联队的教导大队，常年孤零零只有一半甚至三分之一的人员——因为一旦作战部队出现战损，联队长就想着从教导部队中抽调人员过去顶缺。而德国特有的三级教导机制（航校毕业后先入训练航空队再入东线教导大队最后入西线教导大队）使补充过来的人员并不是新手，在经验上相对已比较成熟，只要稍加适应就能投入一线作战。
在这一点上德国空军是占尽优势的，美国陆航飞行员最初培训时间较长，高达350-400小时，大大超过德国同行200-250小时的培训，但德国新嫩飞行员有东线这个新手村可以练习，这些培训时间200个小时左右的新手在老鸟带领下经常去打培训时间只有20-30个小时的红军飞行员，等这批德军新手在执行150-200个小时的作战任务后侥幸没死的话，同样是400个小时左右的飞行时间，他们的作战经验和战术技巧已经过了实战考验，完全压倒同样400个飞行小时的美国同行。
随着美军陆航损失的不断扩大，美军培训时间开始压缩到300小时左右，而德军在前线的实战时间达到300-400小时，等于西线美军300小时新手飞行员撞上的全都是500-600小时且有实战经验的对手，在飞机性能、数量差异不大情况下，判断战况比较容易。而美军陆航更大的不幸在于撞上德国海航——完全从东线精锐部队中挑选出来的空军人员，即便是德国海航从头开始培养的年轻飞行员，也必须先去东线接受血与火的考验。
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