以前商家军的规模小，而且从一开始，商毅建立了完善的财务制度，又有审计机构，因此到现在为止，商家军内部没有发生大的营私舞弊事件，但小贪小污依然时有发生，己经处理了五六起。当然这种小打小敲的事情，也是不可能完全避免，只能发现一起，处理一起。但规模扩大以后，仅靠审计司也不够，何况审计司也只能管得住财务，管不用职权，因此设立一个监查机构，也是完全有必要的。
监查司将由商毅直接管理，主事是郝君侠。他原来是北京的户部主事，非常忠于职守，尽职尽责，虽然在商家军中的资励不够，但从另一个方面看，和任何一方也没有什么深交，在相当程度上也保证他的公证性，因此出任监查司的主事非常合适。从权力上说，监查司拥有调查权、问责权、临时拘捕权，但没有审判权。当然监查制度还要在试行中慢慢完善。
两个新设的大机构就这样确定下来，最后，在农业司下面，商毅又设立了土地局和粮食局这两个次一级的部门。
在掌握了浙江的权力之后，商毅对内的下一步计划就是清丈土地，查实田产，一方面是使毎一户都有自己的土地，稳定社会局面，也为以后安置难民做准备，另一方面也是做为以后税收的依据，多田产者多交，少田产者少交，保障税收的公平性。因此也需要成立一个专门的部门来管理这方面的工作。
而粮食是战略物资，自从到了浙江以后，商毅就一直在储备粮食，现在储备的各种粮食己经超过了七十万石，不仅如此，商毅还打算把整个浙江的粮食都实行计划控制，以便在战时进行统一的安排和分配，因此也需要一个专门的部门来管理。
行政机构上的调整暂时只有这些，而接下来，就是对军队机构进行调整了。
在军队中，商毅也设立了三个新的组织，宪兵队、情报处、安全处。
商家军成立至今，除了取得赫赫战功之外，另一个值得称道的地方就是军纪严明、秋毫无犯。但商毅也知道，随着军队的扩大和组成复杂，在军队内部，也同样需要一个监查机构，来管理监督军队的违纪行为。宪兵队就是这样一个机构。
宪兵队是由最早加入商家军，又没有犯过错误的老兵组成，属于那种思想觉悟很高，而且对商家军的名声和荣誊都非常重视的人。任务就是处理商家军的士兵以及预备兵、达标兵的违纪行为，当然还有冒充商家军的流氓无欶。宪兵队拥有抓捕、审问、处罚的权力。同时商毅在规定，任何士兵都不得与宪兵队发生冲突，必须服从宪兵队执行任务，否则都按违纪处理。
情报处的作用就是刺探敌人內部的信息、秘密等，除商家军以外，其他任何势力都将是情报处工作的对像，目前商家军己经开北京、南京都建立起情报网络，以后还要逐渐扩大到所有大型城市中去。情报处的负责人是吴汉生。
安全处的功能正好和情报处相反，他是对内的机构，就是保证商家军内部的安全，甄别和抓捕敌方的情报人员，阻止敌方人员在商家军控制区内的破坏活动。
现代人对这两个机构都不陌生，就趸特工组织，在后世的许多国家，这两个机构实际都合二为一了。如美国中央情报局、俄罗斯的克格勃，当然还有著名的007。而这个时代令人闻风变色的锦衣卫，也属于这类机构。只不过锦衣卫的名声太坏了，商毅也不打算使用，还是自己另起炉灶，陪养属于自已的特工人员。
商毅在穿越之前，虽然只是特种兵，不是特工，但有许多任务，特种兵都要和特工密切配合，也和特工一起进行过多次交流和反恐演习，并且也一同执行过几次任务，因此商毅对特工的训练方法和工作方式也有相当的了解，因此也定下几条用人标准，让周琦和吴汉生马上去招募一些人员来。
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