随后，朝廷便开始论功行赏，对征日战争中表现出色的将士进行奖赏，第一、第四、第七镇的全体官兵都得到了丰厚的嘉奖，将领们也都得到了不同的奖赏。
其中，北洋水师提督陈钊俊打响对日战争第一枪，又炮击江户港，逼迫幕府议和，记大功，着晋升为世袭罔替镇国公，在其家乡潮州府赏田千亩，赏黄金千两。
镇东大将军苏辅指挥中朝联军征讨日本，取得大捷，又逼迫日方签订不平等条约，居功甚伟，越级升为镇东郡王，赏黄金千两，调回江宁叙职。
余下的益国公郝摇旗、靖国公袁宗第等也都有封赏，但他们的爵位都已经升到了顶端，所以主要以钱财赏赐为主，再加之他们的年纪在半百左右，便让他们返回江宁过好日子了。
而底下的那些个侯爷，他们的爵位也都没有得到晋升，除了以钱财赏赐外，还都得到了官职的封赏，其中除桐城侯马腾云在之前任命为筑紫都指挥使外，兴平侯党守素任新设立的中津布政使司的都指挥使，岐侯贺珍与涪侯谭文调往蒙池都护府分别担任副都护，仁寿侯谭诣调往伊犁都司。
最后值得一提的是将长门、石见、周防、出云、安艺等地集中并入设立的中津布政使司，该布政使司的名字取自中国地方的语源之一的中津国，下辖的五个府的地名不变：
安艺府，府治广岛。
长门府，府治长府。
周防府，府治山口。
石见府，府治滨田。
出云府，府治松江。
五府之地，这便是中津布政使司目前的辖区，等未来若是能够将整个中国地方都纳入朝廷版图的话，或许该布政使司还会再增加辖区范围，但那时候可能已经过去很多年了。
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