时机成熟，偏见之僧率领洪魔大军，操纵由数百万艘强大的战舰组成的军队，以难以阻挡的实力进攻方舟，甚至于先驱的圣迹——星路也入侵了先行者的主要核心战略要地，其力量几乎碾压一切，并使先行者的武装力量迅速失效。
先行者的防御体系终于崩溃，不得不考虑最终手段，种族首脑大架构师牺牲了自己和大方舟，将最后的希望寄托在小方舟与仅剩的环带阵列上，这一最后手段借大架构师所争取的宝贵时间而得以重获实施的可能性。智库长此时正在地球索引物种、关闭导向方舟的传送门，洪魔则大肆进攻地球，希望侵入传送门进而摧毁仅剩的这座方舟以阻止先行者同归于尽。
为了确保方舟的安全，智库长摧毁了所有能够带她回到方舟的圣匙战舰，认为保存银河系物种的重任比自己的生命重要得多。宣教士派出营救部队，要赶在环带发射前接回妻子，但是都被偏见之僧的舰队拦截。
先行者新建的军事人工智能进攻偏执利用偏见之僧在最终关键时刻精力的转移和兵力处绝对优势下的疏忽，成功以的悬殊兵力争取到了最后的一点时间，环带阵列中的7个环带启动，击溃大部分洪魔舰队，洪魔的武装力量瞬间崩溃，进攻偏执从而获得了 6:1的兵力优势，反败为胜并俘获了偏见之僧。
随着环带阵列的启动，银河系所有不受方舟和护盾世界保护的生物全部被杀死，随后方舟上的圣匙战舰将先行者保存索引的物种送回各自星系。先行者与洪魔的战争结束。
先行者以先驱保护星系生命的衣钵重任为自己种族的核心意志，最后却又不得不为此亲手屠宰银河系的全部生命，这种莫大的讽刺与苦痛或许才是先驱丢给先行者的惩罚。
智库长认为人类与先行者都是先驱下面同源的生命，而且作为先驱选定的衣钵真正继承者，将来同样可以成为先行者的继承人。在被环带杀死前，她在进行索引时将先行者的一些神秘的基因指令注入到人类基因之中，使得人类可以让先行者设施引导者和系统所识别。
这为后来先行者科技被封存后人类获得继承先行者力量的权力埋下了伏笔。同时，失去了先驱操纵的洪魔尚未灭绝，成为了未来银河中所有生命的公敌。
战后，进攻偏执发现了偏见之僧的人格架构阵列，并将其带往00装置进行研究，新星宣教士对偏见之僧背叛艾秋敏居境的做法进行了审判，审判决定让偏见之僧存活因为它对于洪魔十分了解，一旦日后洪魔再现它将起很大作用，偏见之僧被置于永恒之放逐并被埋藏在方舟的一片广阔的沙漠之下，它的心中只剩下一个信念——赎罪。
在光环发射后的某个时间，偏见之僧的一部分人格碎片设法登上了一艘钥石舰，尝试通过帮助人类的方式来弥补自己对自己创造者犯下的弥天大错，AI的碎片随后逃离了方舟，但是钥石舰随后坠毁在了圣西姆母星，也就是未来被改造成博爱之城的无畏级战舰。
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